Em 1993, a banda lançou "The Spaghett Incident", um album de covers com recepção "boa" do publico e ruim da critica para época. Uma canção escondida de autoria do conhecido serial killer Charles Manson, "look at Your Game Girl" fora incluida a pedido de Axl, causando polêmica tanto publica quanto interna. The Spaghett Incident e o single "Since I Don't have You" (cover da banda The Skyliners) foi sucesso em todo o mundo.
The Spaghett Incident vendeu até hoje cerca de 1,4 milhoes nos EUA, sendo considerado um desempenho fraco.
Em 1994, Axl é processado por agressão pela sua ex-esposa e pela sua ex-namorada Stephanie Seymour. Tambem em 1994, Axl demite Gilby sem informar a Slash, quem o havia contratado. Paul Tobias entrou para o seu lugar, ficando claro o descontentamento de Slash sobre o novo guitarrista. A última música com o guitarrista foi um cover de "Sympathy for the Devil", dos Rolling Stones, para o filme Entrevista com um Vampiro. Em 1996, nessa musica Axl não gostou do solo executado por Slash e pediu para que um amigo seu gravasse o solo da musica por cima do solo de Slash. Slash percebeu e por esse e mais motivos se demitiu e começou um projeto chamado Slash's Snakepit, com as musicas rejeitadas por Axl para o album que sucederia The Spaghett Incident.
Em 1997, Matt Sorum saiu e no ano seguinte, Duff McKagan saiu da banda, tornando Axl o único integrante original.
Slash foi substituido pelo guitarrista de turne do Nine Inch Nails, Robin Finck, o ex-baixista do The Replacements, Tommy Stinson entrou no lugar de McKagan, e Josh Freese se tornou baterista. O multi-instrumentista Chris Pitman tambem se juntou, primeiramente para tocar teclados. Essa formação começou a gravar um novo album, de estudio em 1998.
Em 1999, o lançou sua primeira música desde 94, "Oh My God" (que tambem teve a participação dos guitarristas Dave Navarro, ex-Red Hot Chilli Peppers e Jane's Addiction, e Gary Sunshine) especialmente para a trilha sonora do filme Fim dos Dias. A Geffen tambem lançou um álbum ao vivo, Live Era: '87-'93, e uma compilação de videoclipes, Welcome to the Videos, vendendo até hoje cerca de 2.3 milhoes de cópias.
Em 2000, Robin Finck voltou ao Nine Inch Nails, sendo substituido pelo guitarrista Avant-garde Buckethead, e o baterista da banda Primus Bryan "Brain" Mantia entrou no lugar de Josh Freese.
Em 2001, voltaram a fazer shows, tres em Las Vegas, e enfim se apresentando no Rock in Rio 3, marcado como o de maior publico na historia da banda, com cerca de 250 mil pessoas, misturando sucessos com musicas novas. A promessa do novo album se dissolveu juntamente com a World Tour 2002, com a turne cancelada e o álbum adiado.
Em 2002, Paul Tobias abandonou a banda. Foi substituido por Richard Fortus, ex- Love Spit Love. Em Novembro, começaram nova turne americana, mas o primeiro show, em Vancouver, foi cancelado pelo fato de Axl nao conseguir ir para o Canadá ( o descontentamento do publico foi grande). Dezesseis shows se seguiram, esgotando-se em mercados como Nova York e não vendendo bem em mercados menores. Entao, um show em Filadelfia fora cancelado porque Axl supostamente tivera problemas repentinos de saúde. Os 15 mil fas presentes se revoltaram e destruíram o local, e o resto da turne foi cancelada.
Buckethead saiu em março de 2004, forçando o cancelamento do show no Rock in Rio Lisboa. Nenhum guitarrista substituto fora anunciado. No mesmo mês, a Geffen lançou a coletânea Greatest Hits, já que o novo album de estudio Chinese democracy nao saia há 11 anos. Rose demonstrou seu desprazer com o album, ja que a lista de faixas fora feita sem seu consentimento, e tentou impedir seu lançamento. Falhou e o album foi sucesso de vendas. Em 2006, o guitarrista Ron "Bumblefoot" Thal foi contratado, e a banda fez uma turne com shows em Europa (inclusive no Rock in Rio Lisboa) e America do Norte, estendida para o Mexico, Ásia e Oceania em 2007. Foram convidados a tocar no Live Earth - mas no Brasil, sendo que a banda estava em turne na Ásia, levando-os a recusar. Dois shows em um festival na África do sul foram cancelados após o baixista Tommy Stinson machucar o pulso.
No dia 23 de novembro de 2008, depois de 13 anos de espera, o Chinese Democracy é lançado em todo o planeta. O disco já conseguiu a marca de 5,1 milhoes de cópias no mundo e adquiriu um disco de platina nos Estados Unidos. Mesmo com o lançamento, os fãs tem mais um desgosto com Axl já que a banda simplesmente nao fez nada para promover o disco: nada de clipes, entrevistas e muito menos shows. A única coisa significativa foi o lançamento do disco no Rock Band. A banda anunciou em janeiro de 2009 o guitarrista DJ Ashba para substituir o guitarrista e compositor Robin Finck, que deixou o grupo para entrar em turne com sua ex-banda, o Nine Inch Nails. Até agora nao se sabe ao certo o motivo de sua sida.
No dia 11 de dezembro de 2009 foi dado o inicio de Chinese Democracy World Tour.
Essa turne desde que começou, ja chamou a atenção, pois de seus quatro primeiros shows, em Taipei, Seul, e Japão, o ultimo teve mais de tres horas dfe duração. Para a surpresa de muitos fãs, o Guns voltou a tocar covers que nao entravam mais no repertório. A turne tambem marca o novo visul de Axl, agora com cabelo liso e curto, e uma bandana, sempre na calça jeans e camisetas de cores variadas.
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